Legend of Mana é ambientado no mundo fictício de Fa'Diel. A árvore de Mana, doadora de mana e vida para o mundo, queimou nove séculos antes dos eventos do jogo. A guerra rompeu entre os países das fadas, humanos e outros que buscam o poder escasso de mana que foi deixado. Quando a guerra acabou, a Árvore Mana foi totalmente drenada e dormiu e muitos Países do mundo armazenaram artefatos antigos. Um herói, controlado pelo jogador, é encarregado de conseguir a restauração do mundo.