Link é uma criança que é zombada por seus amigos por não ter uma fada protetora, até o dia em que a Grande Árvore mágica é atacada por um monstro e morre, nã sem antes explicar a Link que isso é tudo parte de um malévolo plano para tomar o reino de Hylure, e que Link deve ir atrás de 3 jóias para que possa derrotar o poderoso Ganondorf que planeja ter a Ocarina Of Time e assim abrir caminho para sua vitória, e conquista de Hylrue.