A Academia Kibougamine é uma escola privada financiada pelo governo, reconhecida em todo o país como o berço da esperança e da prosperidade, proporcionando uma educação completa para estudantes de nível super colegial de todos os tipos. Hajime Hinata está para começar seu primeiro ano lá, mas ao entrar no prédio da escola, ele é vencido pelo cansaço, quando se recupera e se vê diante de uma porta. Ele sente que deve a abrir e, quando o faz, se vê em uma sala de aula cheia de novos colegas. De repente, eles se vêem trancados na sala de aula e um coelho rosa, Usami, aparece diante deles, reivindicando a si mesma como professora da classe. De repente, a sala de aula em torno deles cai para revelar uma ilha paradisíaca. Usami diz a eles que eles estão em uma viagem escolar e eles devem fazer amizade uns com os outros para ganhar fragmentos de esperança e fazer crescer sua esperança. Assim que se acostumam com a pacífica vida na ilha, Monokuma aparece e assume o controle da ilha, anunciando que os estudantes devem participar de uma vida de assassinato mútuo se quiserem escapar.