Shuji e Chise são dois estudantes do ensino médio de Hokkaido que apenas começaram um relacionamento um com o outro. Então, sem aviso, um esquadrão de terroristas de um país desconhecido destrói a cidade de Sapporo. Toda a esperança é perdida quando, de repente, os terroristas são destruídos por uma pequena luz vermelha flutuando pelo céu. Neste ponto, Shuji descobre que o responsável por eliminar as forças inimigas é Chise, que se revela como um cyborg projetado para destruição em massa.