Jun Sakurada agora é um universitário, mas continua não vivendo bem em sociedade. Enquanto trabalhava em uma livraria, Jun encontra o primeiro fascículo de uma coleção chamada Como fazer uma garota que vinha junto com uma chave de corda de uma boneca da lendária Série Rozen Maiden. Após isso, Jun começa a receber peças da boneca chamada Shinku até que, certo dia, recebe um aviso informando que a coleção seria cancelada, no mesmo dia, Jun recebe um e-mail dele mesmo, pedindo sua ajuda na reconstrução de Shinku e na batalha contra a terrível Kirakishou.