A novel Tantei Naoto é um spin-off de Persona 4 e acontece um ano após o seu final. Naoto é convidada a investigar os desaparecimentos misteriosos de dois alunos de Yagakoro por um velho amigo da detetive, Touko Aoi. Lá, ela tem uma parceria com Sousei Kurogami, um detetive mecânico e oposto a ela em termos de personalidade e metodologia. Em seu primeiro encontro, ela desperta para uma nova persona Amatsu Mikaboshi, o que lhe permite ampliar a capacidade persona de Sousei, o Tsukuyomi. Juntamente com Sousei, ela descobre que o Site da meia-noite, um site anônimo onde o julgamento é transmitido aos outros por cinco juízes nomeados como figuras da mitologia japonesa - Uzume, Sarutahiko, Omoikane, Tajikarao e Futotama. No entanto, rapidamente se torna evidente que este caso e outro sob a supervisão de Touko estão relacionadas quando um dos cinco juízes aparece morto com o exame de balística apontando para a arma de um policial. Naoto e os outros devem descobrir a identidade dos outros juízes para protegê-los e descobrir o culpado, que procura matá-los.