A história é focado em Ren Amamiya, de 16 anos, que foi transferido para a Escola Secundária Shujin, depois de ter sido preso por um crime que ele não cometeu. Chegando em Tóquio, ele descobre um misterioso aplicativo em seu telefone que lhe permite entrar em outro mundo formado a partir dos corações corruptos dos adultos, onde ele desperta seu poder chamado Persona. Acompanhado com outros colegas estudantes, principalmente uma criatura parecida com um gato, Ren torna-se membro de um grupo de vigilantes ”Phantom Thieves of Heart”, que tem como objetivo roubar os corações corruptos dos adultos e reformar a sociedade.