Kyousuke Kousaka , um estudante do colegial de dezessete anos de idade normal, não está se relacionando com sua irmã mais nova, Kirino , nos últimos anos. Por mais que ele pode se lembrar, Kirino ignorou suas idas e vindas e olhou para ele com os olhos de rejeição. Era como se a relação entre Kyousuke e sua irmã, agora com catorze anos, fosse continuar assim para sempre . Um dia, porém , Kyousuke encontra um DVD de uma menina de anime mágico intitulado Hoshikuzu Witch Merle ( Stardust Witch Merle ), que havia caído na porta de entrada  de sua casa . Para a surpresa de Kyousuke , dentro da caixa  um eroge escondido intitulado Imouto para Koishiyo ! ( Amor com irmã mais nova! ) . Kyousuke tenta pegar o culpado, trazendo o tema do anime garota mágica na mesa de jantar da família. Tudo o que sai é uma forte reação negativa de seus pais  especialmente seu pai policial que é anti- otaku. Naquela noite, Kirino explode em reação no quarto de Kyousuke e, talvez, a primeira conversa que ela iniciou com ele em anos , diz que tem coisas para falar . Kirino leva Kyousuke para seu quarto e mostra-lhe uma extensa coleção de anime moe e lolicon jogos bishoujo que ela tem vindo a colecionar em segredo.