Os seus personagens principais são de Neon Genesis Evangelion: Shinji Ikari, Asuka Langley Soryu, Kaworu Nagisa, Rei Ayanami, Touji Suzuhara, Misato Katsuragi, Kensuke Aida, Ryoji Kaji, Gendou Ikari e dentre outros. Ainda que a série use os mesmos personagens, a história difere totalmente da contada no mangá de Neon Genesis Evangelion. “Shinji Ikari frequenta a Academia da Fundação NERV e vive uma vida relativamente normal. Uma noite ele encontra sua colega de classe Rei Ayanami e Kaworu Nagisa correndo da cena de uma violenta explosão e, eventualmente, é recrutado para ajudá-los junto com Asuka Langley Soryu a lutar contra os Anjos, que fugiram de sua função de dar suporte à Yggdrasil, a árvore que sustenta a estabilidade do mundo, e tomaram formas humanas, podendo, assim, destruir a humanidade.” Relacionados: História alternativa de: Neon Genesis Evangelion