Yuma Chitose é uma criança jovem e despreocupada, até que seus pais serem mortos por uma bruxa em sua frente. Na cena perturbadora e traumatizante, ela é protegida do mesmo destino fatal por uma mahou shoujo chamada Kyouko Sakura. Ela que sempre se sentiu como uma fraca e covarde, Yuma acredita que se tornar uma mahou shoujo é a única maneira de ela se tornar mais forte. Mas Kyouko rejeita a ideia assustadora, encorajando a jovem a viver uma vida normal. A curiosidade de Yuma, no entanto, só floresce quando Kyuubey aparece diante dela e diz a ela que Oriko Mikuni se tornaria uma boa mahou shoujo. Mas quem é Oriko? E por que ela se interessou por Yuma? Enquanto isso, as mahou shoujo estão sendo atacadas e mortas. Há rumores de que aquele que os caça não é uma bruxa, mas uma outra mahou shoujo. Relacionados: História Paralela de: Mahou Shoujo Madoka Magica