Uma garota torna-se uma garota mágica em troca de seu desejo. As garotas mágicas tem um destino de lutar contra as bruxas, as precursoras da destruição que plantam a semente do desespero, e no final, elas irão sucumbir ao desespero e transformarem a si próprias em bruxas... O terrível ciclo que se repetiu tantas vezes finalmente terminou quando, através do sacrifício de Kaname Madoka, o mundo foi liderado para uma nova ordem. Entretanto, as batalhas das garotas mágicas devem continuar. A razão para isso é porque essa é a compensação para o milagre. Incapaz de deixar suas memórias da Kaname morrer, Akemi Homura, a garota mágica deixada para trás, continua a lutar sozinha no mundo revivido. Seus sentimentos pavimentam o caminho de mais uma nova história. ... Kaname Madoka, a garota que se tornou o pilar para a ordem do círculo e Miki Sayaka, a garota que perdeu sua vida quando seu poder mágico fugiu, ambas apareceram na frente de Homura. Qual é o significado da aparição de duas garotas que não deveriam mais existir? Irá, Momoe Nagisa, a nova garota mágica que tem um rosto incerto, dizer a verdade sobre o assunto? E qual é o novo começo que luta contra ordem de deus e pisa no mundo?