A história de “Kono Naka ni Hitori, Imouto ga Iru!” gira em torno da vida de Mikadono Shougo, filho de Mikadono Kumagorou o presidente da Corporação Internacional Grupo Kumagorou que, ao falecer, nomeou seu filho para ocupar o cargo de presidente da empresa, mas para que Shougo possa assumir o cargo é preciso antes cumprir duas condições impostas por seu pai em testamento. Uma das condições é passar por um treinamento intensivo para se tornar o presidente da empresa, e a outra é encontrar uma garota e se casar até a sua graduação. Então começa um novo ano escolar e logo nos primeiros dias de aula Shougo conhece Tsuruma Konoe, uma bela garota de cabelos negros e que adora doces, Kannagi Miyabi uma verdadeira tsundere, Kunitachi Rinka, a vice-presidente do conselho estudantil e uma exímia dançarina e a garota-mágica que usa óculos, Sagara Mei. Mas tem uma coisa que Shougo ainda não sabe, uma dessas garotas é a sua irmã mais nova desconhecida, a filha ilegítima de seu pai! E ela pretende manter sua identidade em segredo até que consiga se casar com seu irmão.