Sora é um garoto cheio de energia que vive nas Ilhas do Destino, um lugar paradisíaco e ensolarado. Mas ele sonha em atravessar o mar e conhecer outros lugares, algo que está prestes a realizar com a ajuda dos seus amigos, Riku e Kairi. Os três construíram uma jangada e estão realizando os últimos preparativos para partir numa jornada. Enquanto isso, no Castelo Disney, o Rei Mickey, preocupado com o estranho desaparecimento de várias estrelas no céu, decide também partir em busca de respostas. Antes disso, porém, ele deixa um bilhete incumbindo seus mais fiéis escudeiros, Donald e Pateta, de buscarem a pessoa que possui a chave, um elemento crucial para solucionar a crise. Os caminhos de Sora, Donald e Pateta se cruzam, e eles começam a viajar juntos por vários mundos, cada um com sua própria motivação.