Dez anos atrás, um vulto negro apareceu no céu e destruiu a cidade abaixo. Kagerou e Momiji eram crianças quando a destruição teve lugar, e eles cresceram juntos em adolescentes abaixo da estrutura misteriosas. Há uma inegável atração entre esses dois amigos, mas Kagerou hesita em confessar seus sentimentos, porque ele sente que ele é fraco demais para protegê-la. Um dia, a estrutura volta a funcionar novamente, enviando abaixo bolas estranhas que comem pessoas e os transforma em monstros. O encontro de Kagerou e Momiji naquele dia irá mudá-los para sempre. Momiji é levada por uma organização que antes de partir lhe explica que ele é agora uma ember(brasa), e Momiji é uma dross (escória), não-humano só material como experimento útil. Kagerou não pode aceitar isso, porém, ele está determinado a fazer tudo ao seu alcance para proteger a garota que ele ama.