É a primavera e também o primeiro ano de faculdade de Kanji Sasahara, que está num dilema. Ele deve realizar o seu antigo sonho de entrar num clube de otakus? Saki Kasukabe també enfrenta um dilema. Ela poderá transformar seu namorado Kousaka, um fanboy de animes, em um cara normal? Kanji triunfa onde Saki falha, quando ambos, Kanji e Kousaka se inscrevem para a Genshiken: A Sociedade para Estudos da Cultura Visual Moderna.Saki acompanha Kousaka implacavelmente através das diversas atividades do clube, de cosplay e convenções de mangás a partidas de video game e coleção de figuras de ação de animes, aprendendo mais do que o que ela poderia querer sobre o bem humorado mundo dos otakus japoneses.