Mikan Sakura vive no interior do Japão. Quando sua melhor amiga, Hotaru, é transferida para uma escola prestigiada em Tóquio, Mikan a segue. A escola é uma academia de elite para pessoas com poderesespeciais chamados de “Alices”. QuandoMikan chega aos portões da escola, ela encontra um professor e é matriculada devido a uma série de eventos. Ele diz que ela tem uma única e rara “Alice”. Lá, ela encontra Natsume, um rapaz mal-humorado que constantemente é mal tratado pela escola. Eles se dão bem como fogo e água, mas são evidentemente atraídos um pelo outro. Ela também tem a chance de conhecer outras pessoas, como o melhor amigo de Natsume, Ruka, e Yuu, o representante da classe. Apesar de sua visão inicial de grandeza da escola, ela aos poucos descobre que, sob a grande fachada da academia, há um fluxo interminável de mentiras e segredos enterrados. Ações cada vez mais sinistras e manipuladoras da escola a tornam um lugar perigoso para se viver. Mal ela sabe que sua matrícula na escola dá inicio a uma série de eventos que gerarão uma tragédia maior.