Tendo lugar no continente fictício de Elibe e estrela. Roy o filho do protagonista de Fire Emblem protagonista Eliwood. Roy lidera a Liga de Lycia contra as forças do país militante de Berna pouco depois de seu pai adoecer. A história começa quando o rei Zephiel, governante do reino de Berna, acaba a conquista brutal de Ilia e Sacae e lança seu olhar sobre Lycia. Com a guerra chegando ao seu próprio país, Roy é enviado para casa para liderar o exército de Pherae e se opor Berna, mas logo depois ele conhece Guinevere, a princesa de Berna e Zephiel a irmã mais nova, que escapou de sua terra natal para procurar uma maneira de parar a guerra iminente entre Berna e Lycia. Após a morte do marquês Hector, Roy continua a Liga Lycia e faz muitas promessas: para proteger a princesa Guinevere e amada filha de Heitor, a maga Lilina, e mais importante, para salvar todo o continente da sede misteriosa de Zephiel de dominar o mundo. Mas o herói desta história é Al, filho de um ferreiro Bernian. Depois de completar 15 anos, ele deixou sua casa com a espada de seu pai para ir em uma aventura neste continente vinculada com a guerra.