Taiki Kudou é um garoto que, devido a sua personalidade, não consegue negar ajuda para as pessoas que precisam. Após um dia atarefado tentando ajudar dois colegas, Taiki, junto de Akari e Zenjirou presenciam fenômenos estranhos ocorrendo no mundo real: os aparelhos elétricos ficam loucos, carros passando através de paredes, e uma distorção no espaço ocorrendo no céu...Como se não fosse estranho o suficiente, Taiki ouve uma voz estranha, uma melodia, que está lamentando por estar prestes a morrer. Para tentar salvar a melodia, Taiki a coloca dentro de um objeto misterioso, um Xros Loader, mas ao fazer isso, os três jovens são transportados para o Mundo Digital. Chegando lá, eles se deparam com um mundo em guerra, caindo bem no meio do exército inimigo, o Exército Bagra. As aventuras de Taiki e seus amigos já começa de uma forma intensa, onde eles vão ter que formar seu próprio exército de amigos digimons, a Xros Heart.