Digimon Chronicle é uma coletânea de pequenas partes da história do jogo Digimon Pendulum X, lançado em 2003, com 4 capítulos que contam alguns acontecimentos do jogo. Na história do mangá, Yggdrasil sofreu uma sobrecarga devido ao grnade número dos digimons que ele armazena. Para resolver esse problema, Yggdrasil criou o “Novo Mundo Digital, consistido de três camadas para o passado (Ulud), presente (Versandi), e futuro (Skuld) e, em seguida, executou o Projeto Arca e o Programa-X para eliminar qualquer Digimon que ele deseje. No entanto, os Digimon foram adaptados por obterem um programa chamado Anticorpo-X, o que os reforçou, mudou suas formas, e lhes fez imunes ao Programa-X. Para destruir esses digimons modificados a qualquer custo, Yggdrasil enviou os Cavaleiros Reais, liderados por Omegamon-X, para eliminá-los. E é a partir desse plano de fundo que vemos a trajetória de Kouta e seu parceiro digimon, DORUmon, para salvar o Mundo Digital e os digimons com o Anticorpo-X.