DNA² é a história de Junta Momonari, um jovem adolescente que é como muitos outros garotos, com exceção de que tem alergia a mulheres, e toda vez que ocorre algo muito íntimo, ele acaba vomitando. Karin Aoi, uma operadora de DNA, veio do futuro para impedir a super população do mundo devido ao chamado mega playboy, que é na verdade o próprio Junta. Karín atira uma bala DCM com um efeito especial em Junta para impedir que o DNA de mega play boy de Junta se revele. Porém, ela atira a bala errada e acelera o processo. É a partir daí que o enredo se desenrola.