DNA² é a história de Junta Momonari, um jovem adolescente que é igual a muitos outros garotos, exceto por ter alergia a mulheres, e toda vez que ocorre algo muito íntimo, ele acaba vomitando. Karín Aoi, uma operadora de DNA, veio do futuro para impedir a super população do mundo devido ao chamado "mega playboy", que é na verdade o próprio Junta. No futuro, a Terra sofre com a superpopulação causada pelos mega-playboys, homens com um tipo especial de DNA que os tornavam irresistíveis às mulheres, Assim, Karín atira uma bala DCM com um efeito especial em Junta para impedir que o DNA de mega play boy de Junta se revele. Porém, ela atira a bala errada e acelera o processo.