Anne Freaks é um mangá de terror, mas não porque aparecem monstros ou criaturas mitológicas, e sim por mostrar o lado ruim das pessoas, com muitas mortes e terror psicológico. A estória começa após uma tragédia. Yuri Kitagawa, um garoto “calmo e tranquilo”, mata sua mãe e tenta se livrar do corpo. Quando Yuri está a enterrando, ele é flagrado por uma garota magra de cabelos longos e negros que oferece ajudá-lo a se livrar do corpo. Ele se desespera e a ataca, mas ela consegue revidar e o nocauteia. Yuri acorda em sua casa, onde está também a garota “bondosa” que o ajudou na noite passada, já tendo feito todo o serviço, cuidando dos mínimos detalhes para que ninguém encontre o corpo. Essa misteriosa garota se chama Anna Toudou, que parece uma garota comum, mas que não hesita em tirar uma vida se isso a aproximar de seu objetivo. Yuri acaba atraído pela misteriosa garota, e resolve abandonar a escola e ajudá-la a realizar seu objetivo, que é matar seu pai, o líder de um perigoso culto extremista.