Cyborg 009 é a história de um delinquente juvenil meio-japonês, Joe Shimamura vulgo 'Cyborg 009.' 'Ghost Black ", uma organização super secreta empenhada em promover a guerra global, sequestra Joe juntamente com oito outros membros indesejáveis da sociedade dos quatro cantos do mundo e os transforma em cyborgs. Embora a organização pretende transformar o grupo em máquinas super-poderosas assassinas, não muito antes de Joe e seus novos companheiros se rebelarem contra a Black Ghost e fazer a sua fuga com a ajuda de um velho cientista. Uma vez que Joe e seus amigos se libertaram, Black Ghost envia uma série de outros ciborgues e robôs gigantes em sua perseguição. Usando seus novos poderes e habilidades, nossos heróis ficam um passo à frente do Black Ghost e suas maquinações malignas, mas eles podem salvar o mundo do seu esquema diabólico?