Bem-vindo a um mundo onde o misticismo e a ciência se colidem, e poderes sobrenaturais são derivados de ciência ou religião. No centro deste mundo está a Academy City, uma metrópole avançada, cuja população é composta principalmente de estudantes. A maioria dos estudantes estão matriculados na cidade do Curriculum Power Program, onde eles devem aprender a dominar seus poderes psíquicos latentes. Dentro de vários milhões de alunos, apenas sete são considerados poderosos o suficiente para ter status de Nível 5. Conheça Mikoto Misaka, a terceira mais poderosa de Nível 5 da Academia City. Junto com seu melhor amiga Kuroko Shirai e os outros membros do Judment, uma agência de aplicação da lei do aluno, Mikoto mergulha profundamente no coração escuro da expansão científica que ela chama de casa, e descobre segredos que ela desejava não ter descoberto!