Tendo durado apenas duas semanas, a Terceira Guerra Mundial chegou ao fim. Tanto o Accelerator quanto o Hamazura Shiage retornaram para suas famílias depois de superar seus conflitos individuais. O mundo está em paz e Academy City continua normal, enquanto os mágicos concentram seus esforços em reparar os danos causados pela guerra. Entre essa tranquilidade, no entanto, alguém estava faltando. Alguém que usou a mão direita para salvar uma jovem enquanto mudava as marés da guerra ao longo do caminho: o Imagine Breaker, Touma Kamijou. No entanto, o desaparecimento do autoproclamado estudante do ensino médio não afetou a maioria do mundo, pois a paz temporária é logo quebrada quando surgem novas ameaças, tanto espiões quanto mágicos, em todo o mundo. Agora, os heróis da Terceira Guerra Mundial devem voltar à batalha mais uma vez, enfrentando alguns dos inimigos mais poderosos imagináveis para proteger as pessoas que eles mais prezam.