Um adolescente que ficou órfão quando menino retorna para a cidade de sua infância. Pouco depois de se transferir para Gekkoukan da High School , ele é atacado por sombras - criaturas que se alimentam as mentes de suas vítimas. O ataque desperta sua Persona, Orfeu, sua única chance de derrotar estas criaturas da noite. Ele logo descobre que ele compartilha essa habilidade especial com outros alunos em sua nova escola. A partir deles, ele aprende sobre a Dark Hour, um tempo escondido que existe entre um dia e outro, cheio de sombras. Ele se junta ao esquadrão de execução Especializada extracurricular (SEES), e com seus novos amigos, enfrenta a ameaça das Sombras. Depois de assinar um contrato em que ele aceita o seu destino de sua própria vontade, as principais batalhas de caracteres com os outros membros da SEES contra as Grandes Sombras, encarnações com traços e aparências semelhantes aos do primeiro 12 Arcanos Maiores do Tarô. Enquanto isso está ocorrendo, ele continua a encontrar e, eventualmente, fazer amizade com o filho que lhe deu o contrato para assinar no início do jogo, uma entidade que se refere a si mesmo como Pharos, e é realmente a encarnação da Morte, a 13 ª Arcana .