A história se passa 10 anos após o fim do Gundam F91. Os heróis do filme, Seabook Arno e Cecily Fairchild, descobriram que Crux Dogatie da Frota de Energia de Júpiter está conspirando para conquistar a Terra com as forças de seu império. Em resposta, Cecily ocupa seu nome de nascimento Berah Ronah e recria o Crossbone Vanguard, que se disfarçam como piratas atacando a Frota de Energia de Júpiter. Seabook, sob o pseudônimo de Kinkedo Nau, é um dos melhores pilotos do novo Vanguard. O outro é Zabine Chareux, um veterano do original Crossbone Vanguard. O personagem principal de Crossbone Gundam é um adolescente NewType chamado Tobia Arronax, que foi arrastado para a guerra entre o Crossbone Vanguard e o Império de Júpiter .