Kurokami Medaka, estudante do primeiro ano, é eleita como presidente do conselho estudantil, e a primeira coisa que ela faz é estabelecer uma caixa de sugestões, mais tarde apelidada pelos alunos por Medaka Box. Medaka incentiva os alunos a apresentarem qualquer problema para a caixa sem hesitação e promete resolver qualquer problema que lhe foi informado. Desde que Medaka ganhou as eleições como membro do Conselho com 98% dos votos, ela acaba sendo a única membro do conselho, então ela pede a seu amigo de infância, Hitoyoshi Zenkichi, para ajuda-la, assim tornando-o um novo membro do Conselho de Estudantil. Logo Medaka recrutas mais duas pessoas para o conselho, o ex-membro do clube de judô Akune Kouki como secretário e a atual membro do clube de natação Kikaijima Mogana, por empréstimo de ¥ 300 por dia, como tesoureira. Agora os membros do Conselho Estudantil passam os dias solucionando os problemas apresentados pela Medaka Box, sejam eles de clubes onde eles não pertencem, meninas que precisam de ajuda para escrever cartas de amor ou de pessoas que perderam seus animais de estimação, gradualmente ganhando o respeito e admiração de toda a escola.