A série se passa na cidade japonesa Mifune no ano de 1998. Onde uma série de suicídios sem razão aparente abala a cidade e somente uma jovem chamada Ryougi Shiki pode deter o assassino. Isso porque Shiki possui uma habilidade sobrenatural de enxergar linhas de morte em seres vivos e coisas inanimadas, Chokushi no Magan (直死の魔眼 Mystic Eyes of Death Perception?, lit. Olhos Misticos de Percepção de Morte). Para poder discernir entre o que deve ou não ser visto, a garota conta com a ajuda de dois grandes amigos: Kokutou Mikiya, amigo de Shiki, sensível e perspicaz e, Aozaki Tohko, detetive, maga, exorcista e mentora dos dois. Juntos, o trio leva uma vida nada normal tratando de casos paranormais e assassinatos que ocorrem na cidade.