É o ano 0087 do Século Universal. Sete anos se passaram desde o término da Guerra de Um Ano, a maior tragédia da História da humanidade. Mas a tensão entre a Terra e as colônias espaciais nunca foi de fato resolvida. Insatisfeita com a postura autoritária dos Titãs, a força de elite criada para combater os simpatizantes de Zeon, uma parte das Forças da Federação Terrestre se rebela e forma a AEUG, iniciando uma nova batalha que ficaria conhecida como Guerra de Gryps. Após a Operação Maelstrom, essa disputa está chegando ao fim com a vitória da AEUG, e os dias de opressão parecem finalmente prestes a acabar. Mas, longe dali, na remota base asteroide Pezun, ainda há aqueles que não acreditam na soberania das colônias. Originalmente uma unidade de elite das Forças da Federação, o Corpo de Instrutores declara sua oposição à AEUG e uma nova disputa começa.