A historia começa em uma cidade do interior, chamada Rizenbool, onde vivem os irmãos, Edward Elric e Alphonse Elric. Quando pequenos, Edward e Alphonse perderam sua mãe Trisha Elric. Desde então Edward pensa que a culpa da morte da mãe foi do pai deles, Hohenheim Elric (Von Hohenheim no mangá ou Hohenheim da luz no anime) que foi embora quando eles eram ainda pequenos. Então os dois irmão tentam reviver a mãe usando uma técnica proibida que eles acharam em um dos livros que o pai dele havia deixado na casa. Os irmãos, então quebram o maior tabu da Alquimia: a Transmutação Humana. Entretanto os irmãos conseguem apenas trazer o corpo da mãe sem a alma, por terem praticado a transmutação humana, são levados até Porta da Alquimia, onde o preço do corpo da mãe é cobrado.