No futuro próximo a humanidade foi derrotada pelos parasitas virais chamados “Gastrea”. Eles foram exilados em um território pequeno, vivendo ao lado do desespero e do terror, neste mundo preso à escuridão. Rentaro, um rapaz que vivia perto de Tóquio e membro da "segurança civil" - uma organização especializada na luta contra os Gastrea - é utilizado para realizar tarefas perigosas, com sua parceira Enju, uma jovem menina. Eles lutam utilizando seus poderes peculiares até que um dia recebem uma missão especial do governo. Esta missão secreta é dada para evitar a destruição de Tóquio.